Die Geschlechterbestimmung ist bei Farbmäusen sehr einfach, wenn man beide Geschlechter des selben Alters zum Vergleichen vor Ort hat: Bei den Männchen ist der Abstand zwischen Geschlechtsöffnung und After schlicht doppelt so groß wie bei Weibchen. Dazu sind bei den Weibchen die Zitzen schon früh deutlicher zu sehen. Bei adulten Weibchen erkennt man den Scheideneingang und bei den Männchen die Hoden. Sind diese eingezogen sind trotzdem noch die leeren Hodentaschen zu sehen. Das selbe gilt für Kastraten.

Zudem unterscheidet sich die Form der Geschlechtsteile bei genauem Hinsehen. Bei Weibchen sind beide Öffnungen in der Regel mit einer Linie ohne Fell verbunden. Männchen sind zwischen After und Geschlechtsteil deutlich behaart.

Hier einige Beispielbilder Mäuse unterschiedlichem Alters: