Das Fell der Maus besteht aus zwei Typen von Haaren: Dem Deckhaar und dem Unterfell. Dazu kommen Haare, die an den Sinnesorganen und Organen beteiligt sind wie Bart- und Tasthaare, die Haare im Ohr oder Wimpern. Hier soll aber vorerst vor allem auf die Haare des Fells eingegangen werden.

Das Deckhaar macht ca. 20% des Fells aus und kann wiederum in zwei (oder drei? Quellen sind unklar) verschiedene Typen unterteilt werden. Da es länger, gerade (Wildform) und härter ist und das kurze Unterfell der Maus bedeckt spielt es die Hauptsächliche Rolle beim Farbeindruck der Maus.

Das Unterfell besteht aus dichtem geknickten Haaren, die so ineinander greifen und die Maus isolieren und so vor Temperaturschwankungen schützen sollen, aber auch den Energieverbrauch durch ständigen Wärmeverlust und entsprechend ständiges "Nachheizen" verhindern soll.

Die Haare sind in der Haarwurzel in der Haut verankert. Alle Haare sind in ihrem Aufbau nahezu identisch. grob ist es aus drei Schichten aufgebaut:

1. Außen liegt die Schuppenschicht (Cuticula). Man kann sie sich als mehrere Schichten aus flachen, ungefärbten Zellen vorstellen, die leicht überlappen und einem Tannenzapfen oder Dachziegel ähneln. Sie Schützt das Haar vor allem vor äußeren Einflüssen.
2. Danach folgt die Faserschicht (Cortex) - sie macht ca. 80% des Mäusehaares aus. Hier sind vor allem die Farbpigmente eingelagert. Sie beeinflusst also vor allem den Farbeindruck. Sie ist aber auch für die vielen mechanischen Eigenschaftten der einzelnen Haare verantwortlich.
3. Innen befindet sich das Haarmark (Medulla).

Die einzelnen Haare werden beim Wachstum aus der Haarwurzel mit verschiedenen Pigmenten (sogenannten Melaninen) versehen:

• Dem schwarz/braunem Eumelanin
• Dem Gelb/rötlichem Phäomelanin

Diese Melanine werden in sogenannten Granula in die Faserschicht eingelagert.

Jede Mutation der Farbmaus, die bei einer Maus im Phänotyp vorliegt verändert die Ausprägung der Haarstruktur oder der Pigmentierung. Oft spielt dabei auch der Zeitpunkt in der Entwicklung der Maus eine Rolle zu der die jeweilige Mutation"wirksam" wird. Genaue Auswirkungen der Mutationen versuchen wir bei den Jeweiligen Farbgenen, Zeichnungen und Fellformen aufzuführen.

Außerdem trägt hat eine gesunde Maus Haare, die an den Sinnesleistungen

hören und Tasten beteiligt sind. Sowie Haare, die beispielsweise den Abtransport von Schleim und Sekret aus Atemorganen und Gehör unterstützen.

Hier sollen die Tasthaare kurz beschrieben werden, weil sie bei vielen Fellmutationen eine Rolle spielen:
Die Tasthaare sind kreisförmig um das gesamte Mäusegesicht angeordnet und ragen sogar über den Körperdurchmesser der Maus hinaus. Sie weisen unterschiedliche Längen auf. Sie wachsen dabei vor allem aus den Backen der Maus, aus dem Kinn und einzelne sind auch über und unter den Augen zu finden. 
Sie sind dicker und fester als normale Körperhaare und ihre Enden zeigen immer leicht nach unten um ein abgleiten an den Gegenständen zu garantieren.

Umschlossen sind die einzelnen Haarwurzeln der Tasthaare von Muskeln, wodurch die Maus sie gezielt aufstellen und bewegen kann. Wie bei anderen Sinnen auch, besitzt jede Maus einen Bereich in ihrem Gehirn, der besonders für die Verarbeitung jedes einzelnen Tasthaares zuständig ist. 

Sie erkunden mit diesen Haaren ihre direkte Umgebung, nehmen Luftströme und Vibrationen war. Evtl. sogar tiefe Töne. Mit den Tasthaaren schätzen sie Abstände und Größen ein, kommunizieren und befühlen sich untereinander. Es sollte für jeden Züchter klar sein, dass jede Einschränkung dieser besonderen Haare in Länge, Form, Anzahl oder Qualität einer enormen Einschränkung der Sinnesleistung der Tiere gleich kommt - Vergleichbar mit Taubheit oder fehlenden Gliedmaßen - und damit kein erstrebenswertes Zuchtziel ist.