Bei unterschiedlichen Farbvarianten treten unterschiedliche Augenfarben auf. Man spricht im großem und ganzen von vier Varianten:
Black Eyed bezeichnet die normale Augenfarbe der Maus: In jedem Licht Schwarz. Bei Welpen erkennt man einige Tage nach der Geburt diese Farbe schon an dem schwarzen Liedrand.
Ruby Eyed sind dunkelrote Augen. Oft erkennt man nur einen rötlichen Schimmer und in bestimmten Lichteinfall.
Häufig ist diese Augenfarbe auch bei Farbvarianten wie zB. Dove. Die mit hellen roten Augen geboren werden und deren Augen im Laufe des Heranwachsen nachdunkeln.
Red Eyed oder auch Pink Eyed zeigt hell rote, vollkommen unpigmentierte, Augen. Bei einige Tage alten Welpen erkennt man das Red Eyed schon vor dem öffnen der Augen am ungefärbten Liedrand. Bei einigen Varianten dunkeln die Augen im Laufe des Lebens nach und erscheinen dann Ruby Eyed. Red Eyed Varianten sind lichtempfindlich und werden deswegen teilweise als Qualzucht eingeordnet.
Odd Eyed bezeichnet Tiere, die in jedem Auge unterschiedliche Augenfarben zeigen. In der Regel ist eines "Black Eyed" das andere "Ruby oder Pink Eyed". Diese Varianten treten bei Scheckungen und Splashed-Variaten auf, wenn das eine Auge von der Farbverdünnung/der Scheckung betroffen ist, das andere dagegen nicht.